Un curso con un título como este no podía, bajo ningún concepto, dejar a un lado el siniestro papel de La Inquisición Española frente al luteranismo en tiempos de Carlos V. Así la profesora Henar Pizarro Llorente, de la Universidad Pontificia de Comillas, abundó sobre los elementos de continuidad entre la Inquisición que persiguió a los judaizantes primero, pero también a los alumbrados, y también a protoprotestantes como Pedro de Osma, y la que oprimió a los erasmistas y quemó luteranos ya en tiempos del emperador. Pizarro insistió igualmente en el hecho de que la Inquisición no solo procesó personas, sino que también se encargó de controlar la entrada de libros así como de quemar los que consideraba sospechosos de herejía. La actitud crecientemente intransigente de Carlos frente al erasmismo y el protestantismo español, coincide con la castellanización del emperador conforme se hispaniza su corte al ir muriendo sus consejeros flamencos. Este tema fue hábilmente tratado por el profesor Félix Labrador Arroyo de la URJC en su disertación sobre La Corte de Carlos V y la castellanización del emperador.
No se puede entender la Reforma en España sin Juan de Valdés. El conquense es la gran evidencia de la existencia de un pensamiento evangélico autóctono ante de la llegada de los escritos de Lutero a España. De hecho, fueron dos las ponencias que incidieron en los hermanos Valdés, particularmente sobre Juan de Valdés. Así, el profesor Manuel Rivero Rodriguez, que habló en lugar de la profesora Stefania Pastore, que no pudo asistir, después de reconocer las afinidades del pensamiento de Juan de Valdés con Lutero, en la línea de lo ya afirmado por Marcelino Menéndez y Pelayo, interpretó la obra literaria de los hermanos conquenses en el amplio contexto de sus relaciones con la Corte de Carlos V. Perspectiva importante para entender mejor la textura del pensamiento valdesiano y su influencia mas bien entre personajes de alto rango. La profesora Elena Bonora de la Universidad de Parma en su Juan de Valdés y los espirituales se centró en la vida de Juan de Valdés en Italia, incidiendo también en sus conexiones políticas, aspecto no tan señalado por los estudiosos de Juan de Valdés. Pero, al mismo tiempo, entró en el análisis de la espiritualidad valdesiana, que llegó a ser la de los spirituali, caracterizada por la centralidad de la doctrina de la justificación por la fe. Otra faceta del pensamiento valdesiana es el acento en la experiencia religiosa y no en la mera forma y, por ello la minusvaloración de las ceremonias y los aspectos externos de la religión.
La aparición de la Compañia de Jesús en tiempos de Lutero y Carlos V fue también objeto de aguda reflexión. El tema de Ignacio de Loyola y los jesuitas fue tratado con gran pericia por la profesora Esther Jiménez de Pablo de la Universidad de Granada e IULCE. La figura del fundador es importante para entender a los jesuitas, particularmente su contexto como soldado y su querencia por el misticismo: Loyola adquiere su ortodoxia por su paso por Salamanca y Paris, poniéndose, finalmente ,a las órdenes del papa en Roma. La Compañía se funda en 1540 en un ambiente crecientemente contrareformista, aunque la imagen de los jesuitas como una institución creada para combatir la herejía sea más bien posterior, del siglo XVII, y que aparece de una manera notable en el arte barroco, con especial incidencia en América. Característica importante es que fundan colegios y no conventos, llegando a ser la enseñanza de los niños una de sus señas de identidad. Su éxito se debió, a sus vínculos con las Cortes europeas como confesores y a su pronta internacionalización.
Unos de los temas más novedosos que se trataron, y con obvias aplicaciones actuales fue el de Carlos V, Lutero y el peligro turco. Curiosamente había leído hace poco un artículo de Hans Schwarz: Luther and the Turks publicado en la Revista de Teología Unio Cum Christo en su número de abril de 2017. Miguel Ángel Bunes Ibarra del CSIC e IULCE, relató con todo lujo de detalles el contexto histórico de la expansión turca en Europa, incluída la actitud de Francisco I de Francia pactando con el Sultán Soleimán el Magnífico. El interés de Lutero por los turcos aumenta después del ataque a Viena. Para ello, impulsa la recopilación de textos islámicos, incluida la traducción del Corán, y los estudia diligentemente con el propósito de rebatirlos. Lutero no es un oscurantista, no busca quemar el Corán, más bien quiere que los cristianos lo conozcan para así poder contestar a sus afirmaciones. Aquí podemos apreciar también la novedad que representa Lutero. El reformador alemán realiza una lectura cuidadosa del Corán, señalando cómo el Islam, aunque reconoce a Jesús como sin pecado y como profeta de Dios, no lo tiene como el único Salvador. También destacó cómo la fe islámica se opone a las ideas sociales que Lutero desarrolla sobre el matrimonio civil y la función del Estado. Es de destacar que Lutero se opone a una lucha militar de carácter religioso contra el turco, viendo más bien el creciente poder turco como un castigo de Dios sobre un Occidente apóstata.
